A me sembra una situazione un po' problematica la tua....
ti spiego perché:
secondo me se rimani a Pisa, un giorno è più che sufficiente, io ci sono stato varie volte e ti posso dire che a parte campo dei miracoli, con la torre e il duomo e il battistero poi non c'è quasi nient'altro.....
invece se vai a Firenze credo che il tempo a tua disposizione sia veramente poco, di cose da vedere ce ne sono fin troppe.....
se vai a Firenze ti consiglierei di visitare il duomo ( anche se le code per entrare solitamente sono abbastanza lunghe), poi palazzo vecchio; per quanto riguarda gli Uffizi, credo che non riusciresti a visitarli decentemente con quel poco tempo che hai, visto che anche lì le code sono lunghissime e le cose da vedere sono tantissime, però forse potresti riuscire a visitare la galleria dell' accademia, più piccola ma lo stesso molto bella, e li potrai vedere il David di Michelangelo e molte altre statue di rara bellezza. Oppure un' altra meta che mi sembra molto bella è palazzo Pitti e Il suo giardino (Giardino di Boboli)....è un giardino gigantesco e stupendo....
comunque per tua fortuna, Firenze è una città abbastanza raccolta, ovvero tutti i monumenti e musei che ti ho elencato (e non solo) sono abbastanza vicini tra loro e facilmente raggiungibili a piedi.....